肝上有囊腫多為先天性囊腫，未引起患者腹痛、腹脹或肝功能損害時可不進行治療，遵醫囑定期複診，觀察囊腫是否呈進行性增大的趨勢，或是否引起患者不適。當囊腫直徑超過5-10釐米、存在多發性，或引起患者右上腹不適、隱痛甚至能觸及包塊，常考慮手術治療。

腹腔鏡開窗術一般作為先天性肝囊腫的首選治療方案，減少了傳統開腹手術的痛苦，患者恢復時間短，平均2-3天可下床活動。但如果囊腫合併感染、出血、膽瘻、惡變者不能進行腹腔鏡手術時，需在醫生判斷下選擇開腹手術或其他形式的治療。

後天引起的肝上囊腫可能是包蟲性肝囊腫，即肝包蟲病，是棘球蚴感染引起的人畜共患寄生蟲病。早期可無症狀，隨膿腫發展可引起食慾減退、肝區隱痛、消瘦、貧血，以及右上腹包塊等症狀。由於棘球蚴寄生蟲可對肝組織或其他組織產生嚴重破壞，若不積極治療，死亡率極高。患者可在超聲、CT等檢查確診後行內囊摘除術，輔以內翻縫合術、加置引流管、囊腔大網膜填塞術等加強療效，並可在醫生指導下口服阿苯達唑、甲苯達唑等藥物驅蟲治療。