引起枕骨大孔疝主要是由於顱內再位性病變，使小腦扁桃體向下移位，從枕骨大孔疝出，並且壓迫其腹側的延髓造成。

較常見的向後顱窩病變，如小腦病變、橋球囊角區病變，都可以造成小腦組織從枕骨大孔向外疝出，從而壓迫腹側的延髓，此情況通常比較嚴重。如果患者發生枕骨大孔疝，可能在很短的時間內出現心跳和呼吸驟停，而喪失搶救機會。所以在臨床上儘可能避免患者發生枕骨大孔疝，患者出現枕骨大孔疝具體原因，包括小腦腫瘤、小腦出血，以及小腦半球梗死，局部膿腫、炎症等原因，都可以引起小腦佔位性病變。如果患者出現的佔位性病變體積較大，都可以引起枕骨大孔疝。

此外，大腦佔位性病變，在病變晚期也可以引起枕骨大孔疝，主要是由於幕上的腦組織壓力過大，在先發生小腦幕切跡疝的情況下，仍然沒有得到及時救治，患者的腦疝可以繼續發展，部分腦組織從小腦幕孔疝入幕下，進而推移小腦組織從枕骨大孔疝出，也可以引起枕骨大孔疝。