先天性膈疝手術後遺症主要如下：

1、胚胎時期：可通過超聲檢查發現先天性膈疝患兒，多采取宮內治療，常採取胎兒鏡氣管封堵術，但該方法具有較多併發症，包括胎膜早破、胎盤、胎兒損傷、流產、早產、羊水滲漏及羊膜腔感染，甚至可波及母體，造成母體肺水腫及臟器損傷等；

2、新生兒階段：胎兒出生後即為新生兒，如果新生兒出現先天性膈疝，且疝發生嵌頓，需進行急診手術。其次為亞急診手術，即患兒出生經過初步治療後需儘早手術解除疝內容物對心肺的壓迫。最後為延期手術，此類情況相對較好，可改善肺功能、降低肺動脈壓、穩定患兒基本情況後再行手術。但該手術多伴有胸腔積液及復發。單純胸腔積液一般問題不大，一段時間後可自行吸收。若出現復發則需進行二次手術。