先天性膈疝一旦臨床確診，大部分病人都需要積極手術治療。手術禁忌症主要涉及到病人手術的耐受能力問題，如果出現嚴重呼吸困難、血氧飽和度下降，不能耐受全身麻醉，或者本身合併有嚴重心肺先天性疾病、營養不良的患兒，不能夠耐受手術。當然排除以上手術禁忌的情況下，大部分患者確診以後還是建議通過積極手術治療。

先天性膈疝患兒通過積極手術治療以後，一般不會留下後遺症。也有一些可能出現術後併發症，主要表現為手術後疼痛、肌肉緊張、呼吸困難，也可以出現復位以後消化道出血表現，患者出現貧血或者反流性食管狹窄、吞嚥困難，手術後導致嘔吐、肺不張、血氣胸、腸粘連，出現相應腸梗阻的表現。大部分病人通過積極治療以後，可以達到痊癒目的。