甲胎蛋白在1000μg/L以上，不一定是患有肝癌，應根據患者是否為肝癌高危人群，以及有無生殖器腫瘤分析。如果排除生殖器腫瘤，且有慢性肝病，屬於肝癌高危人群，甲胎蛋白在1000μg/L以上，肝癌幾率較高，需進一步進行影像學檢查，確定肝臟是否有佔位性病變。影像學檢查包括肝臟CT平掃和增強，或肝臟核磁共振平掃和增強，均可找到肝癌病變。

少數患者是肝癌高危人群，甲胎蛋白在1000μg/L以上，但通過CT或核磁共振找不到肝臟佔位，有可能是有癌細胞出現，但還沒有形成癌腫病灶。此時應定期做肝臟影像學檢查，儘早發現肝癌佔位性病變。另外，通過CT和核磁沒有發現肝臟佔位時，還可以採取肝動脈灌注造影的辦法，查找是否有佔位。