肝癌磁共振表現比較有特異性，在肝佔位初步診斷時，建議患者進行磁共振檢查，儘量為增強磁共振。肝癌在磁共振平掃時典型特徵為T2高信號、T1低信號，在增強磁共振上會出現動脈期腫塊信號明顯增強，且強於周圍肝組織，而門脈期腫塊信號要明顯低於周圍肝組織，即快進快出的增強磁共振表現。

目前較好的磁共振檢查，對於肝癌而言為普美顯核磁共振，通過肝臟細胞可攝取普美顯造影劑，而肝癌組織無法攝取普美顯造影劑進行區別。因此，在普美顯核磁共振的普美顯期，即所謂肝臟特異期出現肝內低信號病灶，可確診為原發性肝癌。此外，磁共振的所有結果也需要結合臨床症狀、實驗室檢查等進行確認。