肝臟微波消融術痛苦較小，相比於外科手術，微波消融術僅有穿刺針針眼，沒有切口，因此術後患者很快可以下床活動。另外，手術時一般採用靜脈麻醉方法，手術過程中患者感覺不到疼痛，部分情況會使用局部麻醉，局部麻醉患者可能會感覺到疼痛。患者感覺到疼痛時告知醫生，醫生會給予止痛藥，患者一般能夠耐受疼痛。

患者手術以後肝區主要是上腹部可能會有輕微疼痛，經過對症處理後可以緩解。如果是肝癌患者，在進行微波消融術後1-2天可以出院，痛苦較少。但如果恢復不順利，出現感染、出血等情況，需要另當別論，具體情況與併發症相關。