肝癌微波消融和射頻消融都屬於物理熱消融方法，對於肝癌作用效果相同，都是通過熱損傷滅活肝癌。但兩者產熱原理有所區別，射頻消融主要是通過高壓電流作用，讓腫瘤內部產生熱量，從而殺滅腫瘤細胞。微波消融是通過電極產生微波，類似於家裡用的微波爐，通過電壓改變產熱，以此來殺滅腫瘤。

兩者都屬於微創治療，但是微波消融效率更高，升溫更快，消融範圍更大，適合體積較大腫瘤。射頻消融升溫較慢，消融範圍相對較小，但更安全，對於周圍有危險器官的情況下應該儘量採取射頻消融。總之，兩種消融方式都是通過熱對腫瘤進行殺滅，手術過程基本類似，唯一區別是兩者產熱機理存在一定區別。