肝囊腫是否治療要根據患者的具體情況決定，絕大多數囊腫體積較小，無明顯症狀，可以定期隨診，不需要治療。如果囊腫體積較大，且出現壓迫症狀，如壓迫胃十二指腸出現餐後飽脹、納差、嘔吐、腹痛等，壓迫膈肌影響到呼吸，壓迫肝臟影響到肝臟功能，甚至出現黃疸，此時需要積極治療。對於難以鑑別性質的肝囊腫，也需要積極治療。

囊腫治療的方法是開窗引流手術，大多數可在腹腔鏡下進行，具有創傷小、術後恢復快的優點。對於症狀明顯而無法耐受手術的患者，也可慎重選擇在腹部超聲引導下進行肝囊腫穿刺引流聯合無水酒精注射，但要防止無水酒精向腹腔滲漏引起腸管憩室，還要注意酒精吸收後引起飲酒樣併發症。