由於肝囊腫是良性腫瘤，通常不會惡變，患者不必過分擔心，定期隨訪即可。但是如果肝囊腫逐漸增大或伴發感染，出血等症狀，需對肝囊腫進行治療，如手術治療或囊腫液抽吸後注射硬化劑。

對於多發肝囊腫，如多囊肝或肝臟佈滿囊腫時，也需要進行治療，主要治療手段為切除囊腫或囊腫壁開窗引流。如果殘餘正常肝臟較少且影響肝臟功能時，需進行肝移植治療。