臨床肝囊腫根據生長部位和大小不同，處理辦法不同，具體如下：

1、可以經B超引導下對於深部位囊腫，即處於肝實質內部的囊腫進行治療。如果囊腫較小，可以進行經皮經肝穿刺治療。穿刺以後抽出清亮囊液，證明和膽管不相通。通過注射無水酒精破壞黏膜，導致無囊液分泌，囊腫可以緩慢閉死；

2、如果囊腫較大，可以通過腹腔鏡肝囊腫開窗引流術使分泌的囊液直接流到腹腔內部，不會對正常肝產生壓迫作用；

3、極少數靠近邊稍部位的肝囊腫，例如左肝外葉較大囊腫，可以通過腹腔鏡囊腫切除術達到臨床治癒目的。