肝囊腫一般指先天性肝囊腫，可以進行微創手術，但是在進行微創手術前需要進行檢查。若是5cm以下的肝囊腫無需進行微創手術治療，只需進行定期複查。肝囊腫10cm以上且伴壓迫症狀，需要進行微創手術。

肝囊腫對於絕大多數患者而言無需任何治療，因為肝囊腫是肝臟常見的良性腫瘤，不會對肝臟功能造成較大影響，囊腫不會癌變，所以囊腫手術指徵與症狀直接相關。若肝囊腫無任何症狀，臨床只需進行動態隨訪觀察，即定期複查彩超即可。

較大的肝囊腫會引起相應臨床症狀，包括腹痛、腹脹或壓迫周圍胃腸道，此時囊腫需要進行外科手術干預。肝囊腫最經典手術方式是腹腔鏡下，即微創肝囊腫開窗引流術，手術主要將囊腫壁去掉一部分，從而將囊液引流至腹腔，使囊液流出，肝囊腫體積縮小便不會再引起相應壓迫症狀。

目前對於肝囊腫類良性疾病，治療以微創為主，不選擇常規開腹手術。除腹腔鏡肝囊腫開窗引流術外，臨床可以選擇超聲引導下肝囊腫引流術，但是隻適合少數特殊患者。