在臨床上，確實見到肝囊腫相對比較大，或者囊腫比較靠近肝臟的邊緣引起不適或壓迫症狀，這時候可能就需要處理。對於肝臟囊腫的處理，可以採用的辦法包括在超聲引導下對其囊液進行抽取；對於一部分肝囊腫的患者，可能需要考慮手術切除。對於一部分患者，如果合併腎囊腫，又有肝囊腫，病情比較嚴重時，需要考慮到肝移植的情況，但是絕大部分的肝囊腫都不需要特殊的處理。

肝囊腫是在臨床上比較常見的肝臟佔位性病變，肝臟的佔位性的病變分很多種，包括肝囊腫、肝血管瘤、肝癌和其它少見的肝臟腫瘤等。而肝囊腫是相對比較良性的一種疾病的病症，只需要定期檢查，而且肝囊腫一般也不會出現惡變，成為惡性腫瘤等。