肝囊腫的病人，手術完以後大多數都不會復發，但是個別的病人，由於囊腫的位置，比如臨近膈肌比較近，做了去頂手術以後，膈肌又把殘餘的部分覆蓋了，覆蓋以後，殘留的囊腫黏膜繼續分泌些液體，就產生了復發的情況。另外，一些小的囊腫，還會繼續長大，也是一個原因。為了防止術後復發的情況，手術過程中，開窗儘量開的大一些，儘量去除大部分囊壁，另外就是把殘餘的囊壁破壞掉，用什麼方法，可以打點無水酒精，或者用電燒，破壞黏膜，防止肝囊腫術後復發。