腦膿腫的原因較多，常見如下：

1、炎症：為最常見原因，主要是臨近結構的炎症，比如中耳炎、乳突炎等，可以造成骨質的破壞進而影響到顱內，常常引起顳葉的腦膿腫。而在前額部的鼻竇炎、副鼻竇炎，以及篩竇、蝶竇炎症，常會累及到額葉形成額葉的腦膿腫；

2、感染：如全身各部位的感染也可以經過血行播散，從而引起顱內膿腫。比如肺部的支氣管擴張症，由於肺部的組織被破壞，部分細菌栓子經過血液循環可以進入顱內，從而造成大腦中動脈供血區的頂葉、額葉腦膿腫，常為多發性腦膿腫；

3、心臟疾病：如亞急性感染性心內膜炎，以及心臟瓣膜上的栓子脫落，從而造成顱內的腦膿腫；

4、免疫力低下：如糖尿病患者，以及長期使用免疫抑制劑的器官移植患者，都是形成腦膿腫的常見病因。