腦囊腫住院時間取決於患者的治療方式以及恢復的情況。

通常患者的腦膿腫體積較大，需要通過神經外科手術進行膿腫穿刺抽吸之後，進行4-6周的有效抗炎藥物治療，如果患者膿腫對口服的抗炎藥物敏感，在靜脈輸注抗炎藥物2-3周病情穩定之後，也可以用較強的有效口服抗炎藥物進行替代，此時住院時間可以縮短，但是通常嚴格的抗炎治療4-6周，是大部分膿腫患者需要住院的時間。如果患者在嚴密觀測下通過口服的抗炎藥物進行控制，也是臨床上採取的方法。

因此，腦膿腫患者的治療週期比其他疾病會相應延長，即使進行手術治療，並同時進行有效抗炎治療，腦膿腫還是較容易復發或者進展。如果患者沒有嚴格住院和抗炎藥物治療，復發概率會更高，對患者將來的生活質量、生存期，都有可能會造成一定影響，所以應該積極治療。