在臨床上並非腦膿腫患者均可完全康復，部分腦膿腫患者的康復時間需要4周以上。腦膿腫的恢復程度與腦膿腫的位置不存在較大關係，在功能未受到損傷的情況下，患者需進行規範、系統的治療。部分患者可在進行手術後應用抗生素，對於部分患者無需進行手術，根據細菌類型規範使用抗生素4周以上即可完全康復。

部分患者需進行局部的引流手術，而部分患者需要經過腦膿腫的開顱切除手術，再進行抗生素治療。部分腦膿腫的位置較深，造成的損害較大，可能會遺留後遺症。若腦囊腫發生在並非重要的功能區，通過4周甚至數月的規範治療，患者才可完全康復。