腦膿腫手術的後遺症取決於膿腫範圍以及術前存在的神經功能障礙等因素，常見的後遺症包括以下幾類：

1、癲癇：腦膿腫手術後容易遺留癲癇，可以是局灶性的癲癇發作，也可以是全身的強直陣攣性癲癇發作；

2、缺損症狀：術後患者可見不同程度的失語、偏癱以及偏身的感覺障礙，發生在枕葉的腦膿腫容易出現視野偏盲情況；

3、平衡障礙：發生在小腦部位的腦膿腫，手術後患者可能出現長時間的頭暈、走路不穩等平衡障礙症狀；

4、精神障礙：發生在額葉、顳葉的腦膿腫，手術後患者可能出現一定程度的精神障礙，比如性格改變、記憶力減退、注意力不集中等；

5、意識不清：相對比較嚴重的腦膿腫患者術後可能仍處於昏迷狀態，即意識不清狀態，部分患者可能維持長期植物生存狀態；

6、其他症狀：如果是預後不良的患者，尤其是長期肢體偏癱的患者，可能發生肢體的廢用性萎縮、關節僵硬以及壓瘡等一系列併發症和後遺症。