腦膿腫雖然是腦部比較嚴重的感染，但經過積極有效的治療，患者不一定會遺留後遺症。但腦膿腫患者癲癇發生的概率比一般人明顯要高，甚至比一般的顱內腫瘤患者發生概率要高，臨床較為常見。

腦膿腫存在復發的風險，發生在功能區的腦膿腫，會存在一定程度的神經功能障礙後遺症，比如大腦半球額葉的腦膿腫，患者可能出現性格改變。顳葉、頂葉和島葉發生腦膿腫的患者，由於在局部形成軟化灶，可能刺激大腦皮層，造成異常放電，從而遺留長期的癲癇。枕葉腦膿腫的患者會遺留一定程度的視野缺損。

此外，還有一些腦膿腫由於破入腦室系統，容易造成嚴重的意識障礙和高熱，甚至危及患者生命。小腦發生膿腫時，患者常會出現平衡障礙，表現為走路不穩，像喝醉酒一樣搖搖晃晃。