膀胱癌多起源於移行上皮，若膀胱癌起源於鱗狀上皮則惡性程度可能會更高。在人體中，膀胱、輸尿管及腎盂表面上皮均為一層防水滲透的移行上皮，平時處於溼潤狀態。皮膚表面所覆蓋的是鱗狀上皮，若長期浸泡會導致皮膚表皮產生病損，移行上皮在癌變後會迅速成長。

當新生毛細血管無法供應增長腫瘤的速度時，會導致腫瘤細胞脫落、壞死、出血，表現為血尿。反覆的慢性刺激，尤其反覆的導尿或膀胱造瘻插管的過程，可能會刺激膀胱黏膜而產生鱗狀上皮化生，導致鱗狀上皮細胞癌的出現，惡性程度比移行細胞癌更高。