膀胱癌灌注時會使用化療藥物，但由於藥物在膀胱內貯存時間較短，不會產生如同注射或口服化療藥物的全身副作用。但化療藥物膀胱灌注需插導尿管，在插導尿管的過程中可能會造成尿道損傷。男性患者還可能出現尿道膜部損傷，導致患者排尿困難。

化療藥物還可以對膀胱黏膜，尤其三角區黏膜造成惡性刺激，患者會出現尿頻、尿急、尿疼等症狀，無法堅持進行化療。此時對於患者可以使用M受體阻滯劑，從而緩解尿路刺激的症狀。並且在進行灌藥前，醫生需要囑患者將膀胱排空，從而增加化療藥物在膀胱內的停留時間，可以起到更好的作用。