先天性膽管擴張手術的後遺症，目前在臨床上比較常見的是手術以後的粘連性腸梗阻以及膽道逆行感染。先天性膽道擴張症在我國最多見的是1型，主要是發生於膽總管呈梭狀擴張，一般對於1型的先天性膽總管囊腫，目前臨床手術治療的方式主要是行膽總管囊腫切除，遠端封閉，然後將肝總管與空腸做Roux-en-Y吻合，手術創面比較大，所以手術以後常見的後遺症主要包括兩種。

最常見的手術以後因為腹腔粘連而出現腹痛腹脹，甚至噁心、嘔吐，肛門停止排便排氣等粘連性腸梗阻的症狀。另外就是因為膽腸吻合以後，喪失控制腸液逆流流入膽管的作用，可能因為腸液逆流進入膽管引起膽道感染，從而表現為腹痛、發熱甚至黃疸症狀。