咖啡斑的胎記是一種色素沉著性斑片，根據胎記特點及生長部位不同，可有不同的治療方法。

如果咖啡斑的胎記生長在軀幹，邊界不清或顏色較淡，胎記不影響健康，但由於咖啡斑不會自行消退，較大時可能會有神經纖維瘤的存在，故應及就醫，經醫生評定後可暫時不予治療，但需注意不可用指甲進行反覆搔抓刺激，防止造成感染性皮炎，注意觀察。

胎記顏色較深時，可選擇使用藥物治療，包括外用具有漂白功能的藥膏，如壬二酸乳膏或千白氫醌霜，也可選擇口服維生素C或谷胱甘肽等進行治療，但藥物治療一般效果較差、時間較長。

胎記邊界較清楚、顏色較深時，可進行激光治療如點陣激光或準分子激光，並同時配合口服藥物，一般激光產生的結痂脫落後，色素可基本消退。通常激光治療效果較好，但可能出現復發，需多次治療，同時治療期間需加強防曬。

對於生長在面部的單個咖啡斑胎記，也可通過手術治療，但手術存在一定風險，可能留下疤痕。