功能性胃腸病的治療方法如下：

1、功能性胃腸病是功能性疾病，患者需對功能性胃腸病有充分認識，僅影響生活質量，不會造成其它影響；

2、患者要知道功能性疾病與腸道菌群失衡有相關，所以要重視腸道菌群的影響，需進行腸道菌群改善；

3、根據具體不同症狀，如腹痛可服用止痛藥，腹瀉服用止瀉藥，這樣可減少患者的疾病的發作頻率，從而治癒疾病。