胃腸功能紊亂首先應調整生活方式與飲食習慣，多數患者可以緩解。生活方式調節無效者，採用藥物治療。常用藥物包括：

1、曲美布汀：可調節腸道功能，改善腹脹、腹痛、腹瀉、便秘症狀；

2、思連康或貝飛達：口服1-2周以上發揮作用，可以將腸道菌群恢復至正常比例。

一般不建議直接使用抗生素治療，直接使用抗生素可能加重腸道功能紊亂，導致菌群失調。