正常人腸道內有多種細菌與人類共生，分為大腸桿菌類與球菌類，並按照一定比例存在。急性胃腸炎可能引起細菌比例失調，並出現相關臨床症狀，如腹痛、腹脹、腹瀉、便秘等。

若發生腸道菌群失調，最常用於治療的藥物為腸道生物製劑，可以調節腸道內細菌的比例，幫助大腸桿菌以及球菌恢復正常比例，腸道的功能也可隨之恢復正常。