功能性胃腸病的檢查目的是排除器質性疾病。根據患者的臨床表現和病史、家族史等，通常需做多項檢查，主要包括：

1、血常規、尿常規、大便常規，及肝腎功能檢查；

2、胃鏡及腸鏡檢查，診斷胃部及大腸病變；

3、膠囊內鏡檢查：瞭解胃腸功能及黏膜情況，判斷病情。

4、胃腸動力檢查：可使用專門的儀器檢查，協助判斷功能性胃腸疾病。