急性化膿性扁桃體炎比較常見的致病菌是革蘭陽性菌，例如葡萄球菌、鏈球菌等。所以急性化膿性扁桃體炎在治療藥物選擇上可以首選青黴素類的藥物，例如阿莫西林來進行治療。如果效果不理想可以換用頭孢菌素類的抗感染藥物，選擇口服或靜脈治療。

如果已經出現局部膿腫，可以靜脈輸注第三代頭孢菌素類藥物，同時合用抗厭氧菌的甲硝唑來進行治療，或單獨使用喹諾酮類的抗生素進行治療。扁桃體周圍膿腫可以考慮進行穿刺或切開排膿治療，急性化膿性扁桃體炎還要同時給予對症退燒的治療，以及局部漱口等治療。