扁桃體炎症治療最有效的藥物是抗生素，首選抗生素是青黴素類抗生素，臨床中常用頭孢菌素類抗生素等。扁桃體急性炎症主要是由細菌感染所引起，最主要致病菌是鏈球菌，混合其他多種細菌和病毒感染。

青黴素類抗生素或頭孢菌素類抗生素均能有效殺滅常見致病菌，在根本上改善扁桃體炎症所引起的咽喉部疼痛感、灼熱感等症狀，改善相應畏寒、發熱等全身不適症狀。使用抗生素的同時，聯合使用清熱解毒的中成藥物，對症狀改善也很有效，可以使用蒲地藍口服液、牛黃解毒片、六神丸等。