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小兒尿道下裂的發病原因比較複雜，有先天性因素，先天性因素往往是胚胎時期染色體畸變、變異，導致的尿道下裂。另外就是環境因素，比如孕早期的時候，接觸到有機磷類化學物質，或者雌激素、類雌激素等化學物質，會影響到新生兒尿道的正常發育，導致尿道下裂。還有孕早期的時候，胚胎需要保胎治療，用了大量的雌激素、孕激素之類的保胎藥，也會導致尿道下裂的發生。臨床上都是經常常見的幾種原因。尿道下裂原因比較複雜，如果是想懷孕要小孩的年輕父母，頭一胎或者是家族裡有這種病人的孩子的時候，要注意孕早期的時候不要亂用藥，雌激素不能接觸，然後老的洗衣粉有機磷，還有老的農藥，敵敵畏、六六粉，含有機磷比較多的都不能接觸的。尿道下裂在農村不發達地區發病率最高。遠高於城市，跟不良的使用農藥，接觸到類雌激素類的東西都有很大的關係，如果要避免，必須從源頭上注意避免的這個問題。
可以肯定的講，大部分還是都能治好的，尤其是Ⅰ度和Ⅱ度，包括一些陰莖下彎的孩子，這些手術以後效果都非常好，不影響生育，不影響長大以後的性生活，各方面發育的都特別好。做完以後相當於做了個包皮環切。Ⅲ度、Ⅳ度比較麻煩一點，併發症比較多，假如尿道下裂，合併有比較多併發症，比如兩性畸形，或者是前列腺囊，就比較麻煩了。另外就是，如果會陰型的尿道下裂，成形以後的尿道比較長，成年以後，表面上看是治好了，能撒尿、能站立，但是射精有時候是射不出來的。正常人的尿道是有尿道括約肌的，一張一壓，把那個射出來的精液往前擠，那這種孩子是做的人工尿道就是皮膚。沒有肌肉的成分，沒有神經支配也不協調，成年以後有一些孩子就會射精射不出來，僅限於重度尿道下裂。然後就是尿道下裂合併小陰莖，這個目前是也是研究的一個重點，在臨床上治療難，治療效果差。受體對激素不敏感，有了雄性激素也不發育，到了成年、就是陰莖短小，不能過性生活，各方面的問題都是比較大的。總結一下，大多數的尿道下裂都是預後良好的，尤其是輕度尿道下裂。對於重度尿道下裂，在治療過程當中，如果是斷的比較長的，成年以後的射精能力差，會有所反應。再有就是受體不敏感的小陰莖合併尿道下裂，到了成年以後，睪丸產生的激素多了，陰莖仍然不發育，不長也不粗，性生活成問題。還有就是反反覆覆做尿道下裂的時候，會有尿道下裂殘疾，就是陰莖全是瘢痕，勃起功能就不行了沒有了，所以醫生一定要注意，家長在跟醫生交流這些問題的時候，醫生的熟練程度，手術例數，都要充分的瞭解以後，再選擇手術的地點和手術的時機，手術的方法一定要跟醫生配合，有的時候提過多的要求，反而適得其反。
小兒尿道下裂術後要留置尿管，也就是孩子要插著尿管，根據孩子尿道的實際情況，一般的留置尿管2-3周，甚至更長一些時間，孩子留置尿管，建議儘量讓他臥床，不要讓他下床活動，一旦孩子帶著尿管下床活動的時候，會有些風險，比如說尿管被 掛在什麼地方給脫出了，這是需要重新處理的，甚至將做好的尿道又給撕裂了，這是很麻煩的事情，是造成手術失敗了，所以我們建議在尿管拔出之前，都讓孩子臥床休息，並有家長良好的看護條件，不能讓孩子放任自流。如果在家沒有條件做到這些，我們建議就留在醫院治療，撤除尿管後，再下床活動。
小兒做完尿道下裂手術之後，早期不建議側臥睡覺，因為孩子側臥的時候，對陰莖有壓迫，甚至有的小孩就會趴下睡覺，會壓到傷口，有的時候會有一些滲血，家長也很著急。所以建議術後早期，也就是一週內儘量是平臥，平臥時陰莖 消腫也比較快，不易出現尿道壓迫，尿管也不易脫出，這樣安全。有的孩子不願意平臥，我們甚至會用一些束縛帶，束縛設備，或者鬧得較嚴重的，我們會用一些鎮靜的藥物來維護小兒狀態。這樣為了保證手術後預後好，癒合好，所以術後在一週內儘量要平臥床休息。
新生兒尿道下裂治療時需依據患兒年齡、時機和智力發育等情況，選擇合適的手術時間。如患兒年齡較小時，可不急於手術治療，因部分患兒術後可出現龜頭、陰莖壞死，出現終生性、不可逆後遺症，成年手術整形後，可能影響性功能，且嬰兒期反覆麻醉，可造成智力影響，臨床建議患 兒1-2歲是最佳手術年齡，相對於嬰兒期手術成功率較高，對陰莖和龜頭安全性更有保障。
新生兒尿道下裂治療時，依據尿道下裂的程度不同選擇不同的手術方法。目前一歲以上患兒，輕度尿道下裂手術成功率在70%左右，但術後可能出現併發症如尿道瘻、尿道狹窄、術後尿道狹窄、術後尿道稀釋等，再次手術或多次手術後能夠治癒。Ⅲ、Ⅳ度通過多次手術，可達到正常排 尿，尿道口位置相對在龜頭正位；重度尿道下裂合併小陰莖，陰莖發育異常，手術治療效果較差。