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精子畸形率90%時一般不能生育，正常精子畸形率保持在30%以下時大多能生育。當精子畸形率超過70%以上，大多是染色體異常引起，要做染色體篩查。精子畸形率90%時不建議自然受孕，也不易自然受孕，即便懷孕，也可能出現胎兒早產、流產、發育畸形，成人後可出現畸形改變。此時建議做染色體篩查，排除遺傳性疾病後再挑選優質精子進行人工授精或做試管嬰兒，大多選擇二代試管嬰兒，效果更好。
精子畸形率是95%，說明正常精子形態能達到5%。按照目前WHO第5版，男性精液正常形態的規定標準是4%，而患者精子形態可達到5%，即屬於正常精子形態的結果，可以做試管嬰兒。做試管嬰兒對於畸形精子症，即畸形精子率比例>96%，甚至是98%、99%的患者，均可以做試管嬰兒以幫助懷孕。
男性畸形精子率較高需進行相應治療，精子發生、發育及成熟過程較為複雜，會受到各種因素影響。造成精子畸形率增高的因素可以是基因突變、常染色體異常、Y染色體微缺失等遺傳因素，也可以是高溫、輻射、藥物、化學物質、感染等後天性非遺傳性因素所致。首先考慮導致精子畸形的原因是遺傳因素還是非遺傳因素，由於遺傳因素形態學方面改善較為困難，患者如果懷疑為遺傳所致，則應儘早選擇輔助生殖治療並進行染色體檢查等遺傳學檢查。
目前研究表明畸形精子症，即精子畸形率高與流產和生育畸形兒不存在必然的因果關係，但並不代表畸形精子症無危害，此類疾病會導致男性生育能力下降，故而需引起重視。人類生殖 是優勝劣汰過程，精子在穿過女性生殖道過程中會將多數畸形精子淘汰，從而保證授孕精子質量。畸形精子多數是頭部畸形，導致其較難穿透卵母細胞透明帶引起授孕，在穿透透明帶過程中需精子頭部頂體釋放頂體酶溶解透明帶方可進入卵母細胞，而頭部畸形者通常會在穿越透明帶時受阻。另外尾部畸形的精子通常會因為缺乏動力而較難與卵母細胞相遇，以致無穿越透明帶授精的機會。
精子畸形率是精液常規化驗中一項重要的指標，WHO即世界衛生組織的第五版《人類精子分析手冊》中明確指出，正常形態的精子≥4%，屬於正常情況。精子畸形率是94%，正常形態精子則佔6%，所以精子畸形率屬於正常範圍內。
精子畸形率高可以治療，首先要做精液常規檢查，以瞭解精子的畸形率是否正常。根據目前WHO第5版的標準，只要正常的形態率達到或超過4%，就認為正常，且可以嘗試自然懷孕。如果正常形態率不到4%，比如只有1%、2%或者0，可能需要調整。畸形率高的同時 ，可能會伴隨活力偏低，或者數量偏少等情況。首先要尋找原因，比如排除有沒有精索靜脈曲張、感染，以及性激素是否異常等。有些特殊的畸形，還要了解一下有沒有基因異常，如果是遺傳因素，或者基因異常導致的畸形率高，一般沒有辦法治療，只能通過輔助生殖來實現生育。
精子畸形率高可選擇做一代或者二代試管，必要時可能需要做三代試管。精子畸形率屬於精液質量的指標，根據WHO第5版的標準，正常形態率達到或者超過4%，則認為屬於正常情況。此指標也是較低數值，因為現在採用的是嚴格的形態學標準。若精子畸形率過高，有可能會影響 正常的懷孕率。輔助生殖或試管嬰兒是目前較常用的治療男性不育的方式，即當男性精液質量欠佳無法實現自然受孕的情況下，或者同時女方生育也存在問題時，可採取試管嬰兒。
精子畸形率97%也可以備孕，不建議推遲備孕計劃。精子畸形率是形態學指標，即在顯微鏡下觀測精子外觀是否正常。目前指標的正常值標準是4%，即100個精子中有4個精子外觀正常則為正常，所以畸形率97%只說明男性可用來受孕的正常精子，比例稍微下降。
前列腺炎本身並不導致精子畸形，但是一些前列腺炎可能導致前列腺液分泌功能問題，如pH值降低，前列腺液酶類或者分泌物質成分改變，對精液構成部分產生改變，一定情況下會影響精子畸形率或者活動率。前列腺液是構成精液的重要組成部分，並且 前列腺液裡含很多酶類、蛋白、細胞因子，都會對精子產生營養和支持，如果前列腺液出現問題，會影響精子活力乃至形狀。
精子畸形的診斷標準，世界衛生組織推薦指南有不同的說法。目前精子畸形診斷標準按照第五版世界衛生組織指南是4%，只要正常精子佔到4%就認為是正常。世界衛生組織第四版指南，正常精子佔比例應該在15%以上。第四版和第五版指南有非常大的差別，在臨床上到底根據第四版還是第五版，不同實驗室有不同的做法。
畸形率高不代表一定不能懷孕。正常每次精液射出，有幾千萬條乃至上億條精子，有一些長得不好看的精子，稱之為畸形精子。精子畸形有一個診斷標準，如果正常精子低於這個診斷標準，稱之為精子畸形症。精子畸性越高，懷孕風險越大，但是不代表一定不能懷孕。