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十二指腸間質瘤一定要明確診斷，治療手段因人而異，可根據腫瘤分期確定治療方案。如果十二指腸間質瘤處於早期，可以進行手術切除，可能能根治。如果是進展期或者較大的腫瘤，出現了壓迫症狀，需要手術治療，甚至需要進行胰十二指腸切除術。很多 患者發現時已經有遠處轉移，或者處於局部晚期，需要後期繼續化療。
腸道間質瘤是一種比較少見的腫瘤，有些是偏良性，有些是偏惡性，有些是在良惡性之間，所以是一大類疾病。腸道間質瘤需要手術去處理，有些間質瘤在手術處理之後還要口服靶向藥物治療。間質瘤手術有常規的開腹手術，也有 腹腔鏡的微創手術。不是所有的腸道間質瘤都可以在腹腔鏡下完成，超過5cm以上的間質瘤不建議在腹腔鏡下完成。
腸主要分為大腸和小腸，腫瘤也分為良性和惡性。小腸腫瘤一般發病率比較低，良性腫瘤主要包括脂肪瘤、平滑肌瘤、血管瘤等；惡性腫瘤相對較少，主要是淋巴瘤、類癌，還有存在惡性潛能的間質瘤。