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腸鏡檢查相對比較安全，很少發生穿孔，除非自身有嚴重疾病，比如結腸腫瘤、重度潰瘍性結腸炎、克羅恩病、腸道結核。由於這些病灶侵犯黏膜、黏膜下層、基底和漿膜層，做腸鏡檢查過程中，要打氣，所以本身病變比較嚴重者容易發生穿孔。
腸道腫瘤分良性和惡性，良性腫瘤主要是比較早期的息肉；惡性腫瘤包括腸癌、比較晚期的間質瘤、神經內分泌瘤。在人群中往往病人是因為有症狀才到醫院就診，或者是在常規查體當中發現腸道腫瘤。但是在現代社會，不可能讓所有的人群統一都做腸鏡的篩查，再換算出比例 。但根據推理和分析後，還是良性腫瘤佔的幾率大，因為腸道惡性腫瘤到醫院就診的患者數量仍遠遠少於人口的基數。所以，從大的概念上，假如去世後要做屍體解剖，很多人雖然終身沒有症狀，但是也能在腸道當中發現存在各種腫瘤。所以提倡病人常規查體，特別是到45歲以上，建議病人能夠常規進行胃鏡或者腸鏡等檢查。因為很多病人腸道存在腫瘤，但往往並沒有症狀。通過做腸鏡或者胃鏡，有時候發現病灶其實已經是惡性，而通過早發現、早手術就能得到很好的預後。所以有時候腸道惡性腫瘤的關鍵是要做到早發現、早治療。
腸壁輕度增厚與多種因素有關，如在檢查時腸道是否處於排空狀態，腸壁有無皺縮情況。另外部分腸道性病變也會引起腸壁增厚，腫瘤可能會引起腸壁增厚，部分慢性炎症也可引起腸壁增厚，因此腸壁增厚是多種原因引起的結果。
十二指腸類癌是一種低度惡性腫瘤，如果明確診斷，建議進行手術治療。如果患者出現十二指腸梗阻，甚至在十二指腸乳頭部導致阻塞性黃疸，需手術治療，手術方式可以根據腫瘤在十二指腸的部位、大小進行選擇。
十二指腸類癌需要與十二指腸炎、十二指腸潰瘍以及十二指腸間質瘤、淋巴瘤、腺瘤或者息肉相鑑別，一般通過胃鏡或者十二指腸鏡檢查，根據不同的鏡下表現可以鑑別。若不易鑑別，可以通過超聲內鏡或者十二指腸鏡取病變組織進行病理檢查。