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如果是扁桃體炎急性發作，病人咽部微痛，但咽東西不受影響。從中醫角度講可能是外感風熱導致，治療要疏風清熱、利咽止痛，可用清熱解毒、消腫利咽的藥物治療，如藍芩口服液或中藥代茶飲，如板藍根或菊花、蘆根、甘草等代茶飲，大多數患者都能緩解。但如果病人疼痛嚴重，伴吞嚥困難、頭痛、發燒，檢查提示血中白細胞和中性粒細胞升高，則考慮細菌感染，需靜脈點滴抗生素，一般3-5天就可以緩解。慢性扁桃體炎病人咽部不適，有時候有異物感、少量痰，可以口服中成藥治療，如養陰清肺口服液等。如果病人急性扁桃體炎反覆發作，比如有的患者1個月發作1次，每次都發燒，必須得輸液才能恢復，這類患者建議手術切除扁桃體，以徹底治癒，如果不切除則會反覆發作。若患者扁桃體出現生理性肥大，Ⅱ度或者Ⅲ度，導致病人睡覺打呼嚕，影響呼吸和吞嚥，也建議手術治療。若扁桃體炎引起全身的併發症，如類風溼性關節炎、心肌炎、腎炎等，也要手術切除，避免併發症的發生。
扁桃體囊腫不一定要採取手術治療。扁桃體囊腫與皮膚皮脂腺囊腫是相同道理，屬於腺管堵塞後引起局部膨隆，結構是皮包水或者豆腐渣樣物質。手術治療是否需要做，主要由發生位置對咽部主觀症狀影響以及發展變化決定。生長位置如果擠壓周邊器官較明顯，如向前突刺激舌根、向後突刺激咽喉壁，同時引起咽部不適感以及舌根異物感，這時需要做手術治療。
扁桃體發炎用藥首先根據感染類型判斷。扁桃體發炎主要分為病毒感染與細菌感染。病毒感染程度較輕時只需要進行對症治療，如果感染類型比較特殊，如傳染性單核細胞增多症，需要給予一定抗病毒藥物。細菌感染常見細菌是肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌或金黃色葡萄 球菌，這些菌群都屬於較敏感菌群，是需氧菌群，推薦使用藥物有頭孢一代、二代和青黴素類藥物。頭孢分一代、二代、三代和四代，三代和四代對扁桃體發炎菌群治療也有效果，只是沒有一代、二代頭孢敏感。不推薦使用高代抗生素，當扁桃體發炎明確是細菌感染時，首先推薦使用頭孢一代、二代類藥物。
慢性扁桃體炎很難自愈。慢性扁桃體炎是因為急性扁桃體炎反覆發作而形成，一旦形成，扁桃體本身就會成為病灶，許多細菌和炎症物質會長期潛伏在扁桃體結構之中。一旦免疫系統功能下降，比如熬夜、勞累、工作壓力增大、進食辛辣刺激食物或是感冒受涼，扁桃體結 構中潛伏的細菌和外來病原微生物大量繁殖，釋放較多毒性物質，從而引起身體一系列不適症狀，比如咽痛、咽乾、發熱、畏寒、乏力。嚴重時毒性物質損傷心臟、腎臟和關節，可導致心肌炎、腎炎、關節炎。
扁桃體發炎細菌、病毒感染都有，早期時多半是病毒感染造成，但是病毒感染多數都會繼發細菌感染，尤其亞洲人比較常見，因為本身由於基因或者由於飲食習慣或生活習慣，可能鍛鍊平時少，亞洲人種在免疫力 方面有時不如西方人免疫力強。但可能平時通過經常鍛鍊，飲食結構調整，也可以達到免疫力很好的情況，在免疫力很好時，病毒感染可以自愈，不用吃抗生素即可。
在扁桃體發炎期間，主張患者多吃一些清淡食物，多喝水，使體內免疫機能得到很快的恢復，避免過多的炎症反應；大量飲水可以促進新陳代謝，加快體內毒素的排出。不主張患者吃一些辛辣的食物，因為辛辣食物可以導致體內炎症加重，並且在感染期間不建議患者吃 牛羊肉，因為過多的牛羊肉會使炎症反應加重。
喉嚨痛患者如果出現咽口水都痛，說明炎症反應非常重，這種情況一定要給予重視。常見可能是扁桃體炎引起的扁周炎或扁周膿腫，更嚴重可能要考慮急性會厭炎。急性會厭炎是一種非常危急、情況變化快、致死率非常高的炎症，是由於會厭軟骨引起的炎症反應。