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臨床建議出現甲亢相關性眼紅症狀時，應針對甲狀腺功能亢進進行全身治療，以改善甲亢功能，緩解突眼及眼紅症狀。若甲亢患者出現眼紅或分泌物增多，臨床確診為結膜炎者，建議給予抗生素眼藥水或抗生素眼藥膏治療。
新生兒結膜炎常見於順產新生兒及合併有先天性淚囊炎的新生兒，順產時新生兒被產道汙染，可表現為結膜炎症狀。無論是哪種類型的結膜炎，都要迅速帶患兒到醫院進行檢查，醫生根據具體情況給予對症治療，臨床上比較常用的藥物是抗生素眼藥水和抗生素眼藥膏。
對於結膜炎的患者，尤其是急性結膜炎患者需要遵醫囑用滴眼藥，一個小時或半個小時頻繁點眼，目的是能夠對病原菌起到沖刷作用，使病情能夠迅速痊癒。很多結膜炎甚至慢性結膜炎患者合併有屈光不正，也就是近視、遠視或散光，建議正確配戴眼鏡，因為屈光不正沒有得到正確的矯正會導致慢性結膜炎的症狀加重。
結膜炎根據病原菌不同可分成細菌性結膜炎、病毒性結膜炎、過敏性結膜炎，針對不同類型的結膜炎，建議採取不同的藥物治療。左氧氟沙星滴眼液是臨床上最常應用的藥物，主要針對細菌性結膜炎進行治療。
部分患者會混淆角膜炎和結膜炎兩種疾病，角膜炎即角膜發炎，角膜炎相對而言比結膜炎更嚴重。因為角膜一旦發炎會影響視力，角膜炎患者容易出現怕光、流淚等症狀，並伴隨有較明顯的視力下降。
眼科醫生不推薦患者配戴隱形眼鏡，因為隱形眼鏡會導致角膜缺氧，部分患者還會出現角結膜炎症，所以眼科醫生一般不推薦患者配戴或長時間配戴隱形眼鏡。對於有結膜炎的患者或存在慢性結膜炎的患者，更加建議不要配戴隱形眼鏡，因為隱形眼鏡本身能導致結膜炎。如果本身處於炎症期還戴隱形眼鏡，肯定會加重病情，導致結膜炎症長期不癒合。臨床不推薦經常戴美瞳等隱形眼鏡，因為美瞳隱形眼鏡和普通隱形眼鏡相比，透氧性可能更差，而且長時間配戴眼表甚至可以看到色素沉著。