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角膜水腫分多種原因，比較常見的情況是角膜內皮細胞功能失代償。角膜的內皮細胞起到類似水泵的作用，即不停將角膜中的水釋放出來，細胞損傷後水泵工作會停止，角膜會越來越腫。這種原因引起的角膜水腫不會自行消失，只有通過角膜移植或 者角膜異體移植才有可能消退。
對於早期角膜真菌感染的患者，建議使用藥物治療，如納他黴素、伏立康唑。大部分患者經過藥物治療後，真菌感染可控制住，但是會在角膜上遺留瘢痕。如過在藥物治療半年以後沒有復發，患者可以再做角膜移植手術將瘢痕祛除。
孕婦是比較特殊的人群，所以用藥需謹慎。對於輕度的角膜炎，比如紅眼病引起的角膜炎，應儘量減少用藥。對於比較嚴重的細菌、真菌感染引起的角膜炎，則需要用藥物治療，此時會選擇對孕婦和胎兒影響較小的藥物。
慢性角膜炎的患者可表現出較為明顯反應，包括眼紅、眼痛、視力下降或畏光流淚等刺激症狀。角膜表面不含血管，但鄰近組織如結膜和虹膜等富含血管，當炎症波及時，結膜和虹膜會出現結膜充血、睫狀充血，嚴重時可出現虹膜刺激反應，導致瞳孔縮小。若炎症侷限在角膜中央，可影響視力，潰瘍癒合後，形成的瘢痕是否會影響視力，取決於炎症部位。