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對於病毒性腦炎產生的腦實質損害，根據損害程度不同可能會產生相應的後遺症狀，或者神經系統併發症狀。針對以上情況，尤其是皰疹病毒性腦炎，影響顱內邊緣系統，導致情緒、行為、認知功能以及精神行為異常。
少數病毒引起的病毒性腦炎有特效藥物，如皰疹病毒，而大多數病毒引起的病毒性腦炎均無較好的特效藥物治療。臨床上治療病毒性腦炎，可使用抗病毒的針對性藥物，如皰疹病毒使用阿昔洛韋等藥物，還可採用靜脈輸注丙種球蛋白，少數患者還需使用激素聯合治療。
病毒性腦炎的恢復，每個人情況不同。病毒引起炎症反應，對腦組織造成的損害程度不同，預後也不同。若病毒性腦炎隻影響少數腦組織或隻影響到腦膜，在臨床急性期只有頭暈、頭疼或發熱，無特別嚴重神經功能缺損，經過積極抗病毒治療或減輕炎症反應治療2-3周或出院後不再有其它神經功能缺損症狀，也不再復發，預後比較好，也恢復較快。
病毒性腦幹腦炎一旦確診，應該積極處理，因為涉及到腦幹，臨床表現比較複雜，而且症狀比較重，病人常有意識障礙、肢體癱瘓。一般有支持治療，比如加強飲食、加強護理。抗病毒治療臨床上有阿昔洛韋、更昔洛韋，特殊重症患者可能還要使用丙種球蛋白、激素，比如甲強龍。
腦炎是由於孩子感染不同的病原體，導致的腦部實質性改變，有病毒性腦炎、化膿性腦膜炎、結核型腦膜炎等。其中病毒性腦炎是常見的類型，對於病毒性腦炎的孩子，預後都比較好，一般在7-10天可以得到恢復。但是對於部分病毒性腦炎，比如單純皰疹病毒性 腦炎，預後往往比較差。