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神經系統是臨床較為複雜的醫學領域。目前，小兒腦損傷以分療程治療為主，一個療程約為10-14天，經過1-2個療程後，評估治療效果，再製定下一個療程方案。治療週期短則3-4個療程，長則10-20個療程。且在治癒後應定期隨訪，進行復查和評估，根據患者年齡及病情輕重不同確定隨訪次數，以達到改善症狀、減少後遺症、提高 生活質量的目標。
高壓氧廣泛運用於醫學治療領域，是腦損傷治療的重要方式，可起到改善腦細胞代謝、減輕腦水腫、抑制神經細胞凋亡等作用。在嚴格掌握高壓氧的適應症和禁忌症得情況下，可以使用高壓氧治療嬰兒腦損傷。高壓氧1個療程為10日左右，隔天1次，依據嬰兒病情狀況，決定療程長 短，但臨床上一般建議2-4個療程，越早期使用，治療效果越佳，儘可能減少後遺症的出現。
嬰兒神經系統受到損傷，出現覓食、吸吮、吞嚥等多種新生兒生理反射異常。當嬰兒覓食反射功能減弱，但吸吮和吞嚥功能尚完好時，可繼續母乳或人工餵養。但餵養過程中，應注意避免誤吸、嗆奶。當吸吮和吞嚥功能反射功能均減弱時，應進行管式餵養，即通過鼻飼的方法保證熱卡及營養攝入量。如出現餵養不耐受，可通過靜脈腸外營養，保證嬰兒營養供給。
早產兒腦損傷，可能引起患兒認知障礙、聽力障礙、視覺障礙、癲癇、精神發育遲緩，甚至腦癱等後遺症。但並不是所有腦損傷均會出現智力障礙，如果僅表現為運動功能障礙或肌張力異常等症狀，通過運動鍛鍊、作業療法、被動模式訓練、針灸理療等康復訓練，可明顯改善。同時 ，應警惕智力障礙的出現，需通過專門的智力評估方法進行判斷。
腦損傷的診斷依據出生史、臨床症狀表現及相關輔助檢查而定。臨床上大多數嬰兒腦損傷，均需要進行頭顱核磁共振檢查，具有無創、無射線損傷的特點，相對安全，具有較高的診斷價值。
嬰兒腦損傷治療，主要為康復治療。其治療費用根據就診地區、醫院類型、治療藥物及訓練項目等而定。每個項目均有核定的收費標準，均由國家物價局統一定價，根據康復訓練項目的多少以及難易程度，治療費用為四五千至一兩萬不等。康復訓練包括視覺、聽覺、觸覺訓練，及運動鍛鍊、被動模式訓練、針灸理療、推拿等多種方法，治療費用不同。
目前，嬰兒腦損傷暫無準確的評估標準。主要根據患兒的臨床表現、出生史及相關輔助檢查綜合判斷。如果患兒的臨床表現輕微，相關輔助檢查結果不嚴重，可評估為輕微腦損傷。需定期隨訪及評估，避免損傷加重。當已經出現嚴重損傷時，應採取以下護理措施：
嬰兒腦損傷的康復訓練方法較多，包括視覺刺激、聽覺刺激、觸覺刺激、運動鍛鍊、被動模式訓練、手工作業療法、水療，及針灸、按摩、推拿、理療等多種方式，能有效刺激嬰兒的神經發育，並促進嬰兒各項功能的完善。如通過顏色對比強烈的物體吸引患兒注意，訓練其對事物的追蹤能力，加強其視覺功能；或通過悅耳的音樂、鈴鐺等，在耳邊訓練其聽力，以刺激患兒的聽覺神經發育。
新生兒應按其發育規律進行功能訓練，每個年齡段的康復項目有所不同。嬰兒的可塑性強，在出生後可進行聽覺、視覺、觸覺等信息刺激，促進神經發育，提升智能。尤其是有腦損傷的新生兒，更要加大刺激力度，加快修復。可通過學習、與外界事物接觸等方式，多方位地進行康復訓 練。經多次及持續有效的康復訓練後，達到良好的康復效果。