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結核性腦膜炎可能復發，因抗結核藥物很難通過血腦屏障，即使結核性腦膜炎治癒後顱內有時也會留有結核病灶，在結核病灶內可能有殘留結核桿菌，如患者免疫功能低下時，殘留的結核桿菌會死灰復燃，導致結腦復發。所以結核性腦膜炎患者即使治癒後，也需在日常生活 中注意休息、合理搭配營養，養成良好的生活習慣，忌熬夜，需加強鍛鍊，提高免疫功能，同時定期複查。結腦患者復發也有表現，如休息不佳、心情不佳、營養不佳，都可能復發，復發時患者可能會出現頭痛、低燒、噁心、想嘔、乏力、體重減輕等症狀，此時需及時複診就醫。
結核性腦膜炎腦脊液是清亮的，但多數情況下稍渾濁，呈毛玻璃樣。結核性腦脊液早期改變，是診斷結核性腦膜炎的重要依據之一。結核性腦膜炎腦脊液的壓力通常在200mmH2O以上，細胞數在300-500×10^6/L，部分也超過1000×10^6/L，白細胞計數以淋巴細胞為主，早期是多核多進，後期是單核多進。
結核性腦膜炎患者一般都伴有肺結核，特別是伴Ⅱ型結核，即血行播散型肺結核。臨床上通常血行播散型肺結核50%都伴有結核性腦膜炎。結核性腦膜炎的症狀可輕可重。部分較輕的血行播散型肺結核患者，僅核磁共振檢查發現腦部瀰漫性病變，患者沒有症狀，入院第1天自己走進來。但第2天、第3天病情加重，可出現偏癱、意識障礙等。
結核性腦膜炎引起昏迷主要原因是結核病變發生在中樞神經系統，引起中樞神經系統功能障礙，導致意識不清。意識障礙分為多種，昏迷是所有意識障礙中最嚴重的一種，還包括性格改變、胡言亂語、譫妄狀態，以及不能認別人、古怪行為等， 都是意識障礙的表現。