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在臨床上並非腦膿腫患者均可完全康復，部分腦膿腫患者的康復時間需要4周以上。腦膿腫的恢復程度與腦膿腫的位置不存在較大關係，在功能未受到損傷的情況下，患者需進行規範、系統的治療。部分患者可在進行手術後應用抗生素，對於部分患者無需進行手術，根據細菌類型規範使用抗生素4周以上即可完全康復。
腦膿腫在形成包膜後，炎症趨於侷限化，此時患者的頭痛、體溫升高、腦膜刺激徵等急性炎症表現會有所減弱。若囊腫體積較大，周圍會形成大範圍水腫，引起顱內壓增高，患者仍會出現較為劇烈的頭痛、噁心、嘔吐、視乳頭水腫等顱內壓增高症狀。
腦膿腫雖然是腦部比較嚴重的感染，但經過積極有效的治療，患者不一定會遺留後遺症。但腦膿腫患者癲癇發生的概率比一般人明顯要高，甚至比一般的顱內腫瘤患者發生概率要高，臨床較為常見。
腦膿腫通常難以自行消退，屬於炎性反應在局部形成的包裹性膿腔，周圍是膿壁，中間是大量的壞死組織。臨床上通常需要通過膿腫穿刺抽吸的方法將膿腔內部的壞死組織抽吸出，再進行規範抗炎治療，腦膿腫才可能逐漸緩解甚至消失。對於較淺且膿壁較厚、佔位效應較顯著 的腦膿腫患者，可以通過開顱手術的方式切除膿腫整體，有助於改善與控制病情。