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顱底凹陷症如果產生相應症狀，治療方法以手術為主。手術方法是讓縱向脫位能夠拉伸開，經常在手術之前或術中進行顱骨牽引，讓凹陷能夠在縱向脫位基礎復位。進行相應減壓和固定，一般是把枕骨和頸1、頸2脊柱固定，進行枕頸融合 、復位、減壓緩解患者症狀，治癒顱底凹陷症、寰樞椎脫位等顱頸交界區畸形等疾病。
顱底凹陷症可以治癒，其屬於顱頸交界區畸形。顱頸交界區畸形一般存在寰樞椎脫位、寰椎枕化畸形、顱底凹陷症，甚至齒狀突遊離小體等情況。顱底凹陷症是脊柱第一頸椎、第二頸椎脫位，尤其第二頸椎，稱為樞椎齒狀突往顱底凹陷，往上頂壓延髓和頸髓，產生一系列症狀。