支原體感染大部分患者可以徹底治好，如果治療的療程不夠，部分患者可以出現復發。對於肺炎支原體引起的肺炎，治療療程要求至少在兩週的時間。對於解脲支原體、生殖道支原體，以及人型支原體，通過性行為傳播的非淋菌性尿道炎，及前列腺炎、附睪炎，或者女性的陰道炎、盆腔炎、子宮內膜炎等，最好療程在三週或者更長的時間。
泌尿生殖道的支原體感染，復發的幾率比肺炎支原體還要高，所以療程最好三週以上。對於治療支原體的藥物，選擇以下三類，可以選用四環素類的，比如米諾環素、多西環素，或者喹諾酮類的藥物，左氧氟沙星、環丙沙星。可以選擇大環內酯類的藥物，比如阿奇黴素、羅紅黴素，但是大環內酯類的藥物，目前耐藥率越來越高，部分患者應用之後有可能出現無效。