支原體感染不會影響懷孕，而衣原體感染有時會影響懷孕。正常情況下女性宮頸黏膜有支原體存在，所以支原體感染有時並不是病理情況，也不需要治療。衣原體感染不同，正常女性機體不存在衣原體，如果檢查出衣原體就屬於病理情況，這時要給予治療。衣原體會感染輸卵管黏膜，從而會破壞輸卵管黏膜組織，所以對生育力有較大影響。