大部分支原體感染並不嚴重，支原體可以同時感染咽炎、支氣管炎和肺炎，主要見於兒童和青少年，在成人也比較常見。支原體肺炎大部分症狀比較輕，刺激性乾咳是最典型的症狀，可同時伴有低熱、乏力、咽痛、肌肉痠痛等，很少出現呼吸困難。
成人有50%的支原體肺炎不經治療可自愈，早期使用大環內酯類抗生素，或喹諾酮類抗生素，可以減輕症狀、縮短病程。支原體累及兒童或老年人時，部分患者可以出現重症肺炎和嚴重的併發症，如腦膜炎、脊髓炎、心肌炎、心包炎，以及免疫性溶血性貧血和腎炎，這種情況會因嚴重併發症而導致死亡。