支原體感染首選大環內酯類抗生素，有紅黴素、羅紅黴素和阿奇黴素等。對大環內酯類抗生素不敏感的可以選用呼吸氟喹諾酮類，有左氧氟沙星、莫西沙星等藥物。另外四環素類藥物也可以用於肺炎支原體感染的治療，一般療程是2-3周。肺炎支原體沒有細胞壁，應用青黴素或頭孢菌素類抗生素無效。在支原體感染時，還需要應用對症治療的藥物，對劇烈嗆咳者應適當給予鎮咳藥。