唇顎裂患者主要是胎兒在發育過程中，特別是胎兒發育成形的前12周，若受到某種因素影響而使各胚突的正常發育及融合受到阻擾時就可能會出現各種相應發畸形。目前原因及發病機制未完全明瞭，主要可能的因素：1.遺傳因素，與遺傳有一定的關係。2.營養因素，懷孕期間維生素缺乏。3.感染和損傷，子宮的損傷，病毒感染等等。4.內分泌的影響，腎上腺素分泌增加。5.藥物因素，有些藥物如環磷酰胺，甲氨蝶呤，苯妥英鈉，抗組胺藥物，美克洛嗪，沙利度胺等等可能導致胎兒畸形。6.物理因素，接觸放射線，微波。7.菸酒因素，妊娠早期大量吸煙或被動吸菸，酗酒也有可能導致畸形。