先天性巨結腸的治療方法主要有保守治療和手術治療，一般保守治療就是採取藥物治療，主要方法就是用開塞露、肥皂水等溶液刺激肛門直腸，必要時可以用生理鹽水灌腸，這樣能夠促進排便，一般對於症狀比較輕微的患者可以使用保守治療。但是如果患者症狀比較嚴重，最好及時採取手術治療，手術治療才能從根本上治療先天性巨結腸。