彩超不能檢查先天性巨結腸，因為容易受到糞便及其他臟器的干擾，病變部位顯示不清。明確診斷先天性巨結腸是通過腹部立位平片來確定的，通過腹部X線片可以顯示腸梗阻、擴張的結腸段；如果鋇餐灌腸檢查準確率在百分之九十以上，可以更清晰的顯示病變部位的痙攣、移行、擴張，病變腸道呈漏斗樣改變。其他可以做肌電圖、直腸活檢、也可以輔助診斷。