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百日咳恢復期咳嗽可能會加重，百日咳是由百日咳鮑特菌引起的感染，病程比其它的感染要長。百日咳從病程上分為三期，第一期是卡他期，平均1-2周的時間。第二期是痙咳期，咳嗽症狀最明顯，可以持續數天，甚至2個月。第三期是恢復期，一般持續1-2周。
根據世界衛生組織推薦的百日咳免疫程序，採用基礎免疫和加強免疫。我國百日咳疫苗基礎免疫通常是從嬰兒生後3個月開始接種，可以使用百白破三聯製劑，含有百日咳菌苗、白喉類毒素以及破傷風類毒素，屬於免費疫苗，在兒童3-5月齡各接種一次完成基礎免疫；1年以後強化一次，完成加強免疫。
百日咳綜合徵是類似於百日咳的一系列症狀的綜合徵，但和百日咳也有明顯的不同。雖然它們都有反覆、頻繁的劇烈咳嗽，但是百日咳綜合徵很少會發生在咳嗽末期出現雞鳴樣的體徵。因此，百日咳綜合徵需要和百日咳鑑別。主要的鑑別的要點有以下幾點：1、它 們的病因不一樣。百日咳主要是由於百日咳嗜血桿菌引起的感染，而百日咳綜合徵的原因還不是很明確，主要見於腺病毒的感染。因此它們在臨床辨別上雖然症狀類似，但是病因不同，轉歸也不同。需要到正規的醫療機構去做相應的甄別，進行相應檢查；2、百日咳綜合徵，要明確其主要症狀與百日咳的不同之處；3、在治療過程中，百日咳綜合徵主要是對症治療，保證氣道通暢，減少咳嗽對人體造成的一系列病理、生理學反應。