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如果做胃鏡檢查時劇烈噁心、嘔吐，可能會造成一過性咽喉水腫而引起疼痛，這種情況主要是過於緊張、配合不佳以及長期吸菸的患者，由於咽部敏感導致，通常做完胃鏡檢查後1-2天症狀自行消失。極少數患者因劇烈噁心，會有咽喉部的充血甚至 出血，但均為自限性，在胃鏡檢查之後1-2天，甚至半天，咽喉不適症狀可消失，無需過於緊張。
行胃鏡檢查一般不會傳染疾病。胃鏡的洗消有全國統一、嚴格的規範與標準，在做胃鏡之前，所有患者均要常規進行傳染性疾病的檢查，比如乙肝、丙肝、艾滋病、梅毒，會在術前進行檢查。傳染病患者，會使用專門的檢查器械以及洗消流程。
術後胃癱綜合徵常見於早期腹部腫瘤患者，術後胃功能受到影響，輕者僅為腹脹、厭食，嚴重者表現為進食量減少、進食後嘔吐或無法進食，檢查可以明確無腸道梗阻等情況。胃癌、腸癌甚至肺癌術後均可出現，根據不同腫瘤，胃癱綜合徵發生機會不一。胰腺術後出現胃癱的幾率可達到35％左右，甚至更高。其他部位腫瘤，如肺癌術後胃癱綜合徵的幾率相對較少。
胃潰瘍和胃糜爛的區別是胃糜爛比較淺表一點，胃潰瘍的病變深度較之更深。因為胃黏膜分為幾層，胃潰瘍的深度和侵犯深度有關。比如胃黏膜分四層，它侵犯的程度可以是黏膜層、黏膜下層，甚至嚴重的時候到達肌層。到達肌層時，病人容易引起出血，甚至穿孔，比較危險。即胃 潰瘍的病人，尤其是常常出現間斷性黑色大便的病人，但病人自己不知道其嚴重性，沒有這方面的意識，其疼痛和持續的時間比胃糜爛要更加嚴重、時間更長，如果發生穿孔，則很危險，必須到馬上到醫院來治療。
胃鏡檢查無需擔心對人體的傷害，目前胃鏡檢查雖有一定影響，但胃鏡柔軟度較好、操作靈活、技術也較成熟，所以一般不會對病人產生損害。前提條件是病人配合醫生檢查，檢查時聽從醫生吩咐，不可劇烈反抗，否則會對胃、消化道產生較大的傷害。